После грандиозного противостояния с Мехагодзиллой, два титана разделили сферы влияния. Конг обосновался в Полой Земле, исследуя ее неизведанные джунгли и пещеры, и обустроив себе укрытие из камней. Тем временем Годзилла отдыхает в руинах римского Колизея, восстанавливая силы после битвы. В это же время Джия, девочка, живущая с учеными из организации Monarch, начинает улавливать странные сигналы, исходящие из глубин Полой Земли.
Почувствовав зов, Конг спускается ниже, где обнаруживает скрытую долину. Там обитает племя гигантских обезьян, которые находятся под властью жестокого тирана Скар Кинга. Этот рыжий антагонист, вооруженный хлыстом из костей, держит в цепях Шимо — древнего ледяного монстра, способного замораживать все вокруг. Скар Кинг планирует использовать Шимо, чтобы вывести свое племя на поверхность и захватить мир.
Ученые Илен Эндрюс и Берни Хейс, вместе с ветеринаром, спускаются в Полую Землю на вертолете, чтобы помочь Конгу. Они находят древние наскальные рисунки, которые указывают на Шимо как на ключ к победе. Годзилла, почувствовав угрозу, просыпается и плывет к Египту, где сталкивается с Конгом. Их начавшийся бой прерывают странные сигналы, и они понимают, что должны объединиться. Скар Кинг выводит свою армию на поверхность в Рио-де-Жанейро, где Шимо начинает замораживать улицы. Годзилла и Конг объединяют силы, чтобы сразиться с общим врагом. В ходе битвы Конг вырывает хлыст у Скар Кинга, а Шимо, освобожденная Джией, замораживает тирана. Годзилла окончательно уничтожает его, а Конг уводит Шимо в свое жилище как нового союзника, возвращая в Полую Землю равновесие.
