После неудачной попытки покинуть Землю, инопланетянин Гордон Шамуэй, более известный как Альф, оказывается в плену у американских военных. Его захватывает специальное подразделение ВВС, занимающееся внеземными угрозами. Руководит операцией суровый и амбициозный полковник Гилберт Тысячелистник, который под предлогом «научной изоляции» планирует без лишнего шума устранить Альфа. Чтобы скрыть следы возможного преступления, в документации фигурирует имя ни о чём не подозревающего младшего лейтенанта Гарольда Риза.
Однако далеко не все на базе согласны с такими мерами. Два офицера — майор Мелисса Хилл и капитан Рик Малликан — узнают о готовящемся устранении и решают действовать. Нарушив приказы, они помогают Альфу бежать с базы и укрывают его в заброшенном мотеле. Их поступок запускает масштабную операцию по поимке беглецов. За ними охотятся службы разведки, армия и полиция, подключены слежка, прослушивание и провокации.
Чтобы вывести Альфа из-под удара, герои обращаются к Декстеру Мойерсу — чудаковатому учёному, разоблачённому правительством за разглашение секретной информации о пришельцах. Он помогает им с планом спасения, но ситуация становится всё более запутанной. Альф оказывается в центре не только научной интриги, но и политической борьбы, где каждое действие может стоить свободы или жизни.